大三，专业成绩排名也不错，但是我的学校不是很好，属于双非大学，请问我这种情况也可以申请日本的名校读研吗？

可以的，双非大学成功申请日本名校的情况还是不少的。一般考取日本大学的硕士，重点不在于本科学校的好坏，而是教授决定是否接收你的入学。一般学生提交的研究计划书和语言成绩，以及面试所表现出来的学习能力会比本科背景更加受到重视。