本科三本院校背景对申请澳洲留学读研有影响吗？

不会有影响的，学校不会因为你是三本院校的学生而歧视什么的，正常递交申请即可。只是澳洲不同学校针对不同院校背景的学生（比如985、211、非211）录取要求会有一些不一样。