985高校，因为在学期间重修科目过多(但是所有科目通过重修都及格了)没能拿到学位证，毕业时只有毕业证，这种有资格申请去日本的大学读研吗？或者说还有什么读研的道路可以走吗？

可以考研。但是学校肯定有限，虽然大学院的出愿要项普遍是满足16年教育就可以了，但是出愿材料里面会用到学位证明，所以你的情况的话不是不可以，需要提前联系学校是否需要资格审查。目前的日语水平怎么样呢，条件好的话可以申请研究生（大学院修士预科）过渡一下。日语不好的话，先走语言学校，然后过去之后直接考。