我在用CPT工作的时候，因为工作需要关系，在CPT开始前就偷偷干了几天，并被记录了payroll, 请问会不会有很大危害，需不需要和公司谈谈？

由于您CPT是给pay的，因此建议您与公司商量，看是能把这几天的工资变为bonus或其他理由。